W 1356 roku Ludwik II Flandryjski, hrabia Flandrii walczył przeciwko Brukseli w tak zwanej bitwie o Scheut. Choć pokonał swą szwagierkę Joannę, księżną Brabancji i na krótko przejął przynależny jej tytuł, przy pomocy Karola IV udało się jej go odzyskać. W 1393 roku kapituła Joanny uczyniła z Anderlechtu część Brukseli. W tym samym czasie przebudowano kościół Świętego Piotra i św. Gwidona (Saints-Pierre-et-Guidon / Sint-Pieter-en-Sint-Guido) wznoszący się nad romańską kryptą w stylu gotyckim. thumb|Kościół św. Piotra i św. Gwidona
Od XV do XX wieku Anderlecht był centrum kulturalnym w XV i XVI wieku. W 1521 roku Erazm z Rotterdamu mieszkał przez kilka miesięcy w domu kanoników. Karol I i Łowczy wielki Francji także przebywał w Anderlechcie.
XVII i XVIII wiek upłynęły pod znakiem wojen pomiędzy Niderlandami i Francją. 13 listopada 1792 roku, zaraz po bitwie pod Jemappes, generał Dumouriez i jego wojska ponownie rozgromiły Austriaków. Z tego powodu Francuzi ogłosili Anderlecht niezależną gminą. W XIX wieku nastąpił gwałtowny przyrost liczby mieszkańców, głównie z powodu bliskości ciągle powiększającej się Brukseli. W XX wieku powstały takie dzielnice jak La Roue (Het Rad) i Moortenbeek.