Po wybuchu II wojny światowej, kampanii wrześniowej i agresji ZSRR na Polskę z 17 września 1939 został aresztowany przez Sowietów w 1940 podczas próby przejście przez granicę z Rumunią. Był sądzony w Pryłukach. 19 sierpnia 1940 został skazany za kontrrewolucję na karę pięciu lat pobytu w obozie pracy przymusowej. Następnie został zesłany do obozu Workutłag w Workucie. Około 1940/1941 przebywał w łagrze Pot’ma koło Uchty, później w łagrze Kniaź-Pohost (był tam także ks. Adolf Krzywicki).
Na mocy układu Sikorski-Majski z 30 lipca 1941 odzyskał wolność w lutym 1942. Zgłosił się do formowanej Armii Polskiej w ZSRR gen. Władysława Andersa i w jej szeregach został kapelanem. Po ewakuacji armii do Iranu w 1943 pełnił funkcję spowiednika w obozie polskich uchodźców w Teheranie, później w klinice medycznej. Wraz z 2 Korpusem Polskim przebył szlak przez Bliski Wschód do Włoch. Brał udział w kampanii włoskiej, w tym w walkach w bitwie o Monte Cassino jako kapelan 31 Kompanii Sanitarnej.