Pomiędzy nimi, w części centralnej pola, w prostokątnej ramie przedstawiony jest symbol słońca - pod którym szarfa z napisem ELECTA UT SOL, oraz księżyca - PULCRA UT LUN. Trzecia szarfa, na ramie, zawiera napis QUASI AURORA CONSURGES. Frazy te pochodzą z Pieśni nad pieśniami (Pnp 6,10) i brzmią:
Krypta W posadzce w pobliżu konfesjonału znajduje się wejście do krypty, która jest najstarszą częścią kościoła. Zostało ono odkryte przypadkowo, kiedy w 2008 roku zapadła się w tym miejscu część marmurowej posadzki. Krypta zajmuje obszar pod nawą i głównym ołtarzem, jej sufit jest wsparty na czterech kamiennych łukach. W rogu krypty, naprzeciw wejścia, stoi otwarty kamienny sarkofag, w pobliżu którego znaleziono pozostałości szkieletu. Niezależny ekspert sądowy datował je na II połowę XVI wieku. Krypta nie jest udostępniona do zwiedzania.
Wielki Mistrz de Valette oraz jego następca Pietro del Monte zostali tutaj pochowani. Jednakże w 1579 ich pozostałości zostały przeniesione do konkatedry św. Jana. Są tacy, którzy wierzą, że de Valette spoczął we wzmiankowanym powyżej sarkofagu. Jeśli tak, to sarkofag był prawdopodobnie przykryty marmurową płytą, na której wyryto łacińską inskrypcję-epitafium. Płyta ta jest teraz przymocowana do ściany nad sarkofagiem Wielkiego Mistrza w krypcie w konkatedrze św. Jana.