W październiku 2015 roku poinformowano, że Ron Perlman i wcieli się w rolę goblina. W tym samym czasie do obsady dołączyły Gemma Chan oraz Carmen Ejogo jako Seraphina i Jon Voight jako Henry Shaw. Na początku listopada 2016 ogłoszono, że Johnny Depp zagra Gellerta Grindelwalda, ale nie będzie miał dużej roli w filmie.
Zdjęcia i postprodukcja Główne zdjęcia rozpoczęły się 17 sierpnia 2015 roku w Warner Bros. Studios w Hertfordshire w Anglii. Kilka scen zostało nakręconych w Londynie. Po dwóch miesiącach produkcja została przeniesiona do Cunard Building i St George’s Hall w Liverpoolu, który został przekształcony w Nowy Jork z lat 20. XX wieku. Dalsze nagrania miały miejsce przy Cunard Building na Liverpool’s Merseyside oraz w budynku dawnego Martins Bank przy Water Street w Liverpoolu. Za zdjęcia odpowiadał Philippe Rousselot, kostiumy zaprojektowała Colleen Atwood, a za scenografię odpowiadał Stuart Craig, który wcześniej pracował przy wszystkich ośmiu filmach o Harrym Potterze.