Na początku kwietnia 1940 roku sprawę skierowano do sądu doraźnego gestapo w Tylży, który 10 kwietnia skazał wszystkich aresztowanych na karę śmierci przez rozstrzelanie.
Aleksandra Kujałowicz została rozstrzelana wraz z pozostałymi skazanymi 26 kwietnia 1940 roku o godzinie 18:00 w lesie w pobliżu wsi Szwajcaria (obecnie osiedle Suwałk) przy drodze z Suwałk do Jeleniewa i pochowana w zbiorowej mogile.
Upamiętnienie
W miejscu egzekucji i pochówku konspiratorów, wskazanym po wojnie przez miejscową ludność, postawiono pomnik w postaci betonowej ściany zwieńczonej krzyżem. Mogiła jest otoczona żeliwnym ogrodzeniem. Pośrodku pomnika znajduje się granitowa płyta z nazwiskami zamordowanych członków Tymczasowej Rady Ziemi Suwalskiej. Pomnik figuruje w rejestrze zabytków województwa podlaskiego pod numerem A-952 z 15 kwietnia 1993 roku.
9 maja 1989 roku imię Aleksandry Kujałowicz otrzymała Szkoła Podstawowa nr 6 w Suwałkach. W szkolnej izbie pamięci znajdują się dokumenty związane z patronką.