Z niecką jeziora sąsiaduje kompleks podmokłych lasów, w których przeważają zbiorowiska siedliskowego olsu, łęgu jesionowo-olsowego i łęgi dębowo-wiązowo-jesionowe.
Awifauna Obszar stanowi ostoję ptasią o randze europejskiej. Stwierdzono tu 24 gatunki ptaków z załącznika nr 1 dyrektywy ptasiej oraz 21 gatunków ptaków migrujących wpisanych do tego załącznika. 7 spośród tych gatunków znajduje się w Polskiej Czerwonej Księdze Zwierząt.
L.p. Gatunek Populacja lęgowa Populacja migracyjna Ilustracja 1 głowienka zwyczajna 20-30 – 150px 2 bąk(PCKZ) 24 – 150px 3 gęgawa 15-25 250-600 150px 4 zielonka(PCKZ) 20-21 – 150px 5 podróżniczek(PCKZ) 20 – 150px 6 żuraw 12-18 1500-3000 150px 7 rybitwa czarna 5-15 140-210 150px 8 cyraneczka 6-7 2000 150px 9 sieweczka obrożna(PCKZ) 2-6 – 150px 10 płaskonos 3 35 150px 11 kulik wielki(PCKZ) 1-3 44 150px 12 gęś zbożowa – 8000 150px
Ze względu na występowanie gęsi zbożowej, żurawia i kulika wielkiego BirdLife International od 2010 roku uznaje Błota Rakutowskie za ostoję ptaków IBA (jako Rakutowskie swamps). Prócz wspomnianych gatunków na obszarze ostoi występują m.in.