Eliasza w Kozłowie (od 1932 – Miczuryńsk), nie przerywając kontaktów z żyjącymi w różnych miejscach mnichami zlikwidowanej Pustelni. W mieście tym zwalczał ruch odnowicielskiПреподобноисповедник Севастиан Карагандинский.

W 1933 został aresztowany. Podczas przesłuchania stwierdził, że władzę radziecką uważa za karę bożą i nie popiera jej z powodu zamykania monasterów i świątyń. Został skazany na 7 lat pozbawienia wolności. Po odbyciu kary zamieszkał w Bolszej Michajłowce pod Karagandą. Nielegalnie odprawiał nabożeństwa w prywatnych domach. Wśród wiernych zyskiwał coraz większy autorytet, zaczął być uznawany za świętego starca. W 1955 skupiona wokół niego grupa wiernych uzyskała zgodę na otwarcie w Bolszej Michajłowce cerkwi Narodzenia Matki Bożej. Wokół mnicha Sebastiana zgromadziła się również żeńska wspólnota mnisza. W 1957 biskup ałmacki Józef nadał hieromnichowi godność archimandryty. Siedem lat później za całokształt pracy duszpasterskiej otrzymał szczególną, nadawaną mnichom tylko w wyjątkowych wypadkach nagrodę cerkiewną – prawo noszenia posocha biskupiego.

16 kwietnia 1966 archimandryta złożył przed biskupem wołokołamskim Pitirimem śluby mnisze wielkiej schimy. Trzy dni później zmarł.