W 1937 przedstawił na Uniwersytecie Stefana Batorego pracę habilitacyjną, uzyskał wówczas stanowisko docenta hydrobiologa przy kierowanej przez prof. Jana Dembowskiego Katedrze Biologii. W sierpniu 1939 jako porucznik rezerwy został zmobilizowany do wojska i wcielony do 41 Suwalskiego Pułku Piechoty, z którym przeszedł szlak bojowy podczas kampanii wrześniowej. Podczas walk w okolicach Lwowa został 17 września 1939 ranny. Zmarł 2 października 1939 w szpitalu we Lwowie. Spoczywa na Cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kw. 198 rząd 2, miejsce 9).
Praca naukowa W pierwszym okresie pracy naukowej prowadził badania nad płazami, gadami i owadami prostoskrzydłymi występującymi w Puszczy Białowieskiej. Zajmował się zooplanktonem macedońskiego Jeziora Ochrydzkiego, a także stosunkami tlenowymi wód Pojezierza Suwalskiego, występującymi podczas przedwiośnia zjawiskami termicznymi oraz deficytem tlenowym. Najwięcej uwagi Zygmunt Koźmiński poświęcił skorupiakom widłonogim z rodzaju Cyclops, a przede wszystkim Cyclops strenuus. Przeprowadził taksonomiczne usystematyzowanie materiałów, wykazując zróżnicowanie morfologiczne i ekologiczne;