right|260px| Jagiellonia Białystok w sezonie 2012/2013 przystąpiła do rozgrywek piłkarskiej Ekstraklasy oraz Pucharu Polski (od 1/16). Klub rozgrywa swoje mecze na Stadionie Miejskim, ze względu na przebudowę mógł pomieścić około 4000 kibiców.
I poziom rozgrywkowy Drużyna pod wodzą Tomasza Hajty w pierwszej rundzie odniosła kilka cennych zwycięstw na wyjeździe: 1:2 z Legią, 0:2 z Lechem. Niezwykłym też był mecz wyjazdowy ze Śląskiem, kiedy zespół przegrywał 3:0, podniósł się i w 7 minut strzelił 3 bramki! Białostoczanie w całej rundzie przegrali tylko 2 mecze, ale na półmetku rozgrywek zajęli 10-tą, dość odległą pozycję. Prawdopodobnie „Jaga” ustanowiła następny klubowy rekord, uzyskując 10 remisów w jednej rundzie. Druga runda zaczęła się bardzo dobrze 3 zwycięstwa i dwa remisy wywindowały zespół na 6 pozycję w lidze. Później nastąpiła czarna seria pięciu porażek, gdzie drużyna straciła 15 bramek nie zdobywając żadnej. Jagiellonia znalazła się na 11. miejscu i musiała bić się o utrzymanie, na szczęście dla „żółto-czerwonych” na koniec uzyskała remis i zwycięstwo, co dało bezpieczne 10. miejsce.