zamierzał je kontynuować w Wiedniu, dokąd wyjechał jako stypendysta Grodkowa jesienią 1789 roku. Tam po długotrwałej chorobie postanowił jednak poświęcić się całkowicie muzyce i jesienią 1791 roku przeniósł się do Brna (Morawy) na posadę skrzypka w orkiestrze teatralnej.
Okres polski Wiosną 1792 roku udał się do Lwowa, gdzie objął stanowisko kapelmistrza tamtejszego teatru. Wkrótce wystawił w nim swoje dwie opery do tekstów niemieckich (Die seltenen Brüder, Der verkleidete Sultan). Gdy Wojciech Bogusławski objął w 1795 roku prowadzenie niemieckiego teatru lwowskiego, Elsner został jego współpracownikiem. Odtąd zaczął komponować opery polskie do tekstów Bogusławskiego; zachowała się z nich tylko jedna: Amazonki, czyli Herminia. W tym czasie Elsner zaczął się interesować polską muzyką ludową i wplatać wątki ludowe do swoich utworów instrumentalnych (Sonata fortepianowa D-dur). W 1796 roku napisał trzy tria fortepianowe oparte na tematach z opery Krakowiacy i Górale Jana Stefaniego. Motywy z tej opery pojawiają się również w późniejszej o niemal dekadę symfonii C-dur.