Z Chopinem łączyły Elsnera uczucia prawdziwej przyjaźni; świadczy o tym m.in. zachowana korespondencja: 6 listów Elsnera do Chopina i 5 listów Chopina do Elsnera.

Od 1825 roku kształcił Ignacego Dobrzyńskiego, początkowo prywatnie, potem w latach 1826–1828 w Szkole Głównej Muzyki. Elsner w raportach egzaminacyjnych oceniał Dobrzyńskiego słowami „zdolność niepospolita”. Do jego pozostałych uczniów należy również Feliks Jaroński.

W latach 1835–1839 Elsner prowadził „wyższe kształcenie głosu” w Szkole Śpiewu przy Teatrze Wielkim, którego dyrektorem był Karol Kurpiński, potem uczył jeszcze śpiewu w Instytucie Guwernantek. Uniwersalizm zainteresowań Elsnera wyraził się także w jego żywym stosunku do zagadnień polskiego folkloru; zbierał materiały dotyczące muzykowania ludowego;