Wobec restrykcyjnych działań władz rosyjskich zmierzających do rusyfikacji uczelni, w 1888 ustąpił ze stanowiska. Mimo poważnej choroby poświęcił się komponowaniu, nadal też koncertował, często przeznaczając dochód na cele dobroczynne. Ostatni koncert dał w sali Ratusza w Warszawie w marcu 1895. Pochowany został na cmentarzu Powązkowskim (kwatera Pod katakumbami-1-71/72).
Twórczość Jako kompozytor Zarzycki nie wniósł trwałych wartości do muzyki polskiej. Jego artystycznie nierówne kompozycje budziły sprzeczne opinie krytyków. W utworach instrumentalnych, będących w większości miniaturami w stylu salonowym, łatwo zauważyć wpływy Chopina, zwłaszcza w sposobie wykorzystania harmonii i faktury. Jego pieśni, stanowiące najbardziej wartościową część spuścizny, naśladują styl moniuszkowski, głównie w śpiewnikach op. 13 i op. 14, wzorowanych na Śpiewnikach domowych Moniuszki.