thumb|240px|BOZPN - Zespoły występujące w I lidze w sezonie 1988/89 Jagiellonia Białystok przystąpiła do rozgrywek I ligi oraz Pucharu Polski od (1/16). Od sezonu 1986/87 funkcjonuje nowy system punktowania tzw. "za 3 pkt", przepisy obowiązywały tylko w I, II i III lidze. Mecze wygrane różnicą 3 bramek są premiowane 3 pkt, przegrane różnicą 3 bramek -1pkt., nie dotyczy walkowerów. W tabeli mecze za "3" i "-1" podane są w nawiasach.
I poziom rozgrywkowy Jagiellonia przystąpiła do sezonu poza odejściem kapitana Henryka Mojsy bez większych ubytków w kadrze. Zespół prezentował się dobrze, słabszy okres wystąpił pod koniec I i na początku II rundy. Wówczas nastąpiła zmiana szkoleniowca, za Mirosława Mosjiuszkę przyszedł Krzysztof Buliński. Drużyna ostatecznie zajęła dość dobre 8 miejsce, pewnie utrzymując się w I lidze. Sztab szkoleniowy: trener - Mirosław Mojsiuszko, II trener Andrzej Prawda, kierownik drużyny - Andrzej Pietrzyk.
Po sezonie nastąpiła wyprzedaż czołowych zawodników, co zapowiadało walkę o utrzymanie w następnym sezonie.
Puchar Polski Historyczny sukces odniosła Jagiellonia awansując pierwszy raz w historii do finału Pucharu Polski.