thumb|240px|BOZPN – Zespoły występujące w I lidze w sezonie 1989/90 Jagiellonia Białystok przystąpiła do rozgrywek I ligi oraz w Pucharu Polski od (1/16).
Od sezonu 1986/87 funkcjonuje nowy system punktowania tzw. "za 3 pkt", przepisy obowiązywały tylko w I, II i III lidze. Mecze wygrane różnicą 3 bramek są premiowane 3 pkt, przegrane różnicą 3 bramek -1pkt., nie dotyczy walkowerów. W tabeli mecze za "3" i "-1" podane są w nawiasach.
I poziom rozgrywkowy Zespół przystąpił do nowego sezonu w zmienionym składzie, przed sezonem odeszło kilku podstawowych graczy, min. bracia Jacek i Dariusz Bayerowie. Klub pozyskał kilku zawodników z ligi oraz po raz pierwszy w historii klubu zawodników zagranicznych. Byli to trzej Litwini, wówczas zawodnicy ZSRR z Atłantasu Klajpeda.
Początek sezonu można uznać za dobry, podobnie jak bramka w debiucie Gintarasa Kviliunasa. Po kilku pierwszych spotkaniach białostoczanie notorycznie remisowali oraz przegrywali łapiąc punkty ujemne. W trakcie sezonu stracili w ten sposób aż 6 punktów!