Rządy partii w 1979 przerodziły się w dyktatorskie rządy Saddama Husajna. Rozbudowany aparat partii Baas służył odtąd wyłącznie podtrzymywaniu jego władzy, a w drugiej kolejności – gwarantowaniu interesów finansowych dyktatora oraz całej faworyzowanej społeczności sunnitów irackich. Iracka Partia Baas stała się wówczas bezideową partią władzy, indoktrynującą całe społeczeństwo w duchu kultu Saddama Husajna. W okresie rządów baasistów w Iraku na masową skalę łamane były prawa człowieka, miały miejsce pozasądowe egzekucje, tortury, w końcu lat 80. przeprowadzono ludobójczą kampanię antykurdyjską, przez cały okres rządów partii dyskryminowani byli szyici.
Partia Baas straciła władzę w Iraku wskutek amerykańskiej interwencji w 2003. W tym samym roku została zdelegalizowana, a jej dawnych działaczy usunięto z życia publicznego kraju (debasyfikacja). Jako że partia miała przed 2003 charakter masowy, a członkostwo w niej było warunkiem kariery w państwowej administracji i wojsku, oznaczało to pozbawienie Iraku wykwalifikowanych kadr. Zmarginalizowani dawni baasiści w celu odzyskania wpływów sprzymierzyli się z fundamentalistami islamskimi, przyczyniając się m.in.