Zarzucenie koncepcji jedności arabskiej sprawiło, że baasiści znaleźli się w opozycji względem rządu Kasima, który rządził Irakiem w sposób dyktatorski. W końcu 1959 partia zorganizowała zamach na jego życie, który jednak się nie powiódł. W odpowiedzi doszło do fali aresztowań członków organizacji. Nie doprowadziły one jednak do zniszczenia partii. Fu’ad ar-Rikabi zbiegł przed aresztowaniem do Syrii, przekazując kierownictwo organizacji Alemu Salihowi as-Sadiemu. Ten przeprowadził reorganizację struktur partyjnych i utworzył związaną z nimi paramilitarną Gwardię Narodową. W 1961 Fu’ad ar-Rikabi został usunięty z partii, gdyż jego poglądy uznano za niezgodne z jej ideologią, a zbyt bliskie naseryzmowi.
W 1962 partia Baas rozwinęła sieć swoich lokalnych komitetów, nadal miała również sympatyków wśród osób, które po obaleniu monarchii objęły wysokie stanowiska urzędnicze lub wojskowe. W tym samym roku w strukturach partii powstało Biuro Wojskowe kierowane przez brygadiera al-Bakra i podpułkownika Ammasza oraz przez as-Sadiego, niebędącego wojskowym. Biuro opracowywało plan obalenia rządu Kasima na drodze kolejnego puczu oraz zajmowało się pozyskiwaniem kolejnych zwolenników partii wśród oficerów.