1984–1989 wykładowca w Krakowskiej Wspólnocie Akademickiej przy kościele Księży Misjonarzy na Miasteczku Studenckim, w ramach Uniwersytetu Podziemnego oraz w Nowym Targu, Zgierzu, Wadowicach. 1984–1985 działacz samorządu studenckiego na UJ, sygnatariusz listów protestacyjnych przeciwko zmianie ustawy o szkolnictwie wyższym.
W 1989 był zaangażowany w kampanię wyborczą Komitetu Obywatelskiego, następnie był współzałożycielem i w latach 1990–1991 działaczem Forum Prawicy Demokratycznej.
W latach 1991–2000 był asystentem w Instytucie Historii Polskiej Akademii Nauk, od 2000 jest pracownikiem Oddziałowego Biura Edukacji Publicznej Instytutu Pamięci Narodowej/Oddziałowego Biura Badań Historycznych w Krakowie (w latach 2006–2012 był naczelnikiem OBEP IPN w Krakowie)http://ipn.gov.pl/o-ipn/zyciorys/wojciech-frazik. Został członkiem rady programowej Fundacji im. Janusza Kurtyki.
Jest redaktorem naczelnym „Zeszytów Historycznych WiN-u”, członkiem redakcji Aparatu Represji w Polsce Ludowej 1944–1989.
Publikacje Biografia: Emisariusz Wolnej Polski. Biografia polityczna Wacława Felczaka (1916–1993), (Kraków 2013) Bibliografia: Judaika wydane w Polsce. Druki zwarte i niesamoistne: materiały do bibliografii 1995–1996, (Kraków 2000).