Dyrektor izby skarbowej powoływał i odwoływał zastępców naczelnika urzędu skarbowego – na wniosek naczelnika urzędu skarbowego. Miał także prawo do wnioskowania do Ministra właściwego do spraw finansów publicznych o odwołanie naczelnika urzędu skarbowego lub o powołanie i odwołanie wicedyrektora izby skarbowej.
Do zakresu jego kompetencji należało również nadanie regulaminu organizacyjnego izbie skarbowej, po zatwierdzeniu projektu tego regulaminu przez Ministra Finansów oraz nadanie regulaminów organizacyjnych podległym urzędom skarbowym.
Procedura powołania na stanowisko dyrektora izby skarbowej Dobór kandydatów na stanowisko dyrektora izby skarbowej był dokonywany w drodze konkursu spośród pracowników urzędów i organów podległych ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych, którzy posiadali wyłącznie obywatelstwo polskie, wyższe wykształcenie magisterskie prawnicze, ekonomiczne lub inne uzupełnione studiami podyplomowymi prawniczymi lub ekonomicznymi oraz co najmniej czteroletni staż pracy w tych urzędach i organach.