thumb|240px|BOZPN - Zespoły występujące w II lidze (gr.wschodnia) w sezonie 1993/94 Jagiellonia Białystok przystąpiła do rozgrywek II ligi w grupie wschodniej oraz Pucharu Polski od 1/16 rundy.
II poziom rozgrywkowy Jagiellonia uplasowała się na 10 miejscu w II ligowej tabeli, drużyna przystąpiła do sezonu bez większych wzmocnień w składzie, dodatkowo przed rundą wiosenną i po sezonie opuściło klub kilku ważnych zawodników. Ważnym wzmocnieniem był powrót o drużyny Jacka Bayera, który z 12 bramkami był najlepszym snajperem w Jagiellonii.
Puchar Polski Jagiellonia pokonała w 1/16 pokonała (na wyjeździe) Stal Sanok 0:3, w następnej rundzie uległa (u siebie) I ligowemu GKS-owi Katowice 0:3.
Końcowa Tabela II Ligi - gr. wschodniej Drużyna Bramki Uwagi1 Stomil Olsztyn 34 18 13 3 5220+32 49 Awans I liga2 Petrochemia Płock 34 18 11 5 6122+39 473 GKS Bełchatów 34 14 14 6 3822+16 424 Radomiak Radom (b) 34 16 9 9 4731+16 415 Motor Lublin 34 14 12 8 4132+9 406 Błękitni Kielce 34 13 12 9 2925+4 387 Szombierki Bytom (s) 34 10 14 10 3027+3 348 Wisłoka Dębica 34 12 10 12 3843-5 349 Hetman Zamość 34 10 13 11 3130+1 3310 Jagiellonia Białystok (s) 34 10 12 12 4039+1 3211 Hutnik Warszawa 34 9 14 11 3543-8 3212 Avia Świdnik 34 6 19 9 3031-1 3113 Karpaty Krosno 34 9 13 12 2542-17 3114 Okocimski KS Brzesko (b) 34 8 14 12 4753-6 3015