Jego uczniami specjalizującymi się w gleboznawstwie byli m.in.: Józef Bzowski, Tadeusz Domański, Konstanty Jasiński, Kazimierz Miczyński, Eustachy Popiel i Tadeusz Rudowski. W sumie byli oni autorami ośmiu wartościowych rozpraw gleboznawczych.
thumb|Szkic mapy rolniczych typów gleb Królestwa Kongresowego według F. Czarnomskiego
W zakresie gleboznawstwa Franciszek Czarnomski reprezentował, dominującą w tamtych czasach, szkołę geologiczno-petrograficzną i geologiczno-rolniczą. Do interesujących go nauk o glebie włączał zagadnienia uprawy roli, chemii rolnej, gruntoznawstwa i gleboznawstwo melioracyjne. Dzięki temu geologiczne podstawy gleboznawstwa były przez niego ujmowane bardzo wnikliwie, jednocześnie nigdy nie tracił z oczu roli gleby jako podstawy rolnictwa.