Jagiellonia Białystok przystąpiła do rozgrywek II ligi w grupie wschodniej oraz Pucharu Polski od II rundy.

Od sezonu 1995/1996 we wszystkich ligach obowiązywać będą nowe przepisy dotyczące punktacji, zwycięstwo - 3 pkt., remis - 1 pkt., porażka - 0 pkt.

II poziom rozgrywkowy Jagiellończycy pomimo zaciekłej walki, nie zdołali utrzymać zespołu w II lidze. Zabrakło niewiele, tylko 1 punku do bezpiecznej 14 pozycji. Do zespołu powrócił Dariusz Bayer, ale skład został uszczuplony o Marka Citkę (do Widzewa Łódź),Jacka Chańkę, Dariusza Drągowskiego oraz Andrzej Ambrożeja, który z powodu kontuzji po 5 kolejce zakończył karierę. Ponad braki kadrowe zespół przeżywał także kłopoty finansowe oraz organizacyjne, klub miał długi, groziło mu zerwanie umowy ze sponsorem. Z pomocą władz miasta oraz decyzji o nie wycofaniu się sponsora, klub przystąpił do rozgrywek.

PZPN nie uwzględnił protestu Do niecodziennej sytuacji doszło przy tzw. zielonym stoliku, kiedy to władze PZPN-u wbrew swoim przepisom nie przyznały walkowera dla Jagiellonii w meczu 32 kolejki z Motorem Lublin. Zespół Jagiellonii zgłosił, że w meczu z Motorem Lublin występował w drużynie gospodarzy nieuprawniony zawodnik (ze względu na kartki nie powinien).