u góry po lewej portret ojca gwardiana Daniele Gusmerio a po prawej podobizna mecenasa Guglielmo da Castelbarco (1314–1320), przypisywana Maestro del Redentore oraz Bóg Ojciec pędzla Paolo Ligozziego (XVII wiek).
Kaplica Świętego Antoniego thumb|240px|Kaplica Świętego Antoniego Zaledwie 30 lat po śmierci Świętego Antoniego Padewskiego (13 czerwca 1231) franciszkanie postanowili zbudować poświęconą mu kaplicę poza prezbiterium. Od tego momentu był on przez stulecia czczony w kościele San Fermo Maggiore. Kult ten jest żywy również dzisiaj, co znajduje swój wyraz w obchodzeniu rocznicy jego śmierci. Kaplica Świętego Antoniego usytuowana jest po lewej stronie nawy. Obraz ołtarzowy przedstawiający chwałę świętego Antoniego jest dziełem Liberale da Verona. W 2004 roku spod marmurowej okładziny wydobyto kilka fresków, w tym cykl poświęcony Świętemu Antoniemu.
Transept i mauzoleum Della Torre Freski w lewej części transeptu stanowią fragment wielkiego, niezachowanego cyklu, przedstawiającego wybrane wydarzenia z życia Świętego Franciszka (XIV wiek). W sąsiednim pomieszczeniu znajduje się mauzoleum Della Torre, zbudowane wkrótce po 1511 roku przez Andrea Briosco.
Ołtarz Świętego Józefa Ołtarz Świętego Józefa znajduje się po lewej stronie nawy. Obraz ołtarzowy z około 1608 roku, namalowany przez Alessandro Turchi, przedstawia Pokłon pasterzy.
Kaplica Matki Boskiej