W latach 1905–1909 w kościele przeprowadzono znaczące prace konserwatorskie; z apsyd usunięto naleciałości przywracając je do stanu jak w poprzednich wiekach. W 1946 roku kościół dolny został ponownie otwarty dla kultu.
W czasie II wojny światowej kościół szczęśliwie uniknął bombardowań, które w latach 1944/45 zniszczyły przylegle krużganki. Po wojnie dzięki wysiłkowi państwa włoskiego, fundacji i zaangażowaniu osób prywatnych podjęto dzieło restauracji bogatego zespołu fresków, wielu kaplic i unikalnego, drewnianego stropu.
Architektura thumb|240px|Widok kościoła od strony apsydy Kościół San Fermo stanowi wyrafinowany przykład stylu gotyckiego, który upowszechnił się we Włoszech za pośrednictwem franciszkanów; szczególnym przykładem odniesień do architektury francuskiej są zwłaszcza górne partie budynku z wieżyczkami i ornamentami, niezwykłymi dla miejscowej architektury. Fasadę zdobią dwie loggie, kilka ciągów małych łuków, piękne triforium oraz imponujący romański portal wieku z XIV wieku. Drzwi z brązu, wstawione w 1997 roku, wykonał rzeźbiarz Luciano Minguzzi. Program ikonograficzny 24 reliefów wypełniających ich powierzchnię stanowi męczeństwo i lokalny kult Swietych Fermusa i Rustyka. Z lewej strony portalu znajduje się grobowiec Aventino Fracastoro (zm. 1368), lekarza i przyjaciela Cangrande della Scala.