Kaplica Świętego Bernarda Z przodu na łuku wejściowym widoczne są fragmenty fresku przedstawiającego „drzewo życia świętego Franciszka”, a powyżej Zwiastowanie (ok. 1325-1330) przypisywane Maestro del Redentore. Po prawej stronie wejścia widnieje marmurowa płyta grobowca Bernardo Brenzoniego z 1494 roku. Pochodzący z 1570 roku ołtarz został przeniesiony w 1809 roku z kościoła San Fermo al Ponte. XVIII-wieczny obraz ołtarzowy pędzla Antonio Elenettiego przedstawia Madonnę z Dzieciątkiem w górnej części oraz świętych Firmusa i Rustyka w dolnej. Po prawej stronie wejścia znajduje się zamontowana na ścianie urna z prochami Barnaby da Morano, wyrzeźbiona przez Antonio Mestre i przeniesiona tutaj w 1814 roku. Z fresku pokrywającego kiedyś urnę zachowały się trzy panele, uważane za ostatnie i najlepsze dzieło Martino da Verona. Te i inne dzieła sztuki wypełniające kaplice sprawiają, że stanowi ona małe muzeum, odzwierciedlające długą działalność artystyczną w kościele San Fermo.
Ołtarz Świętego Rafała Ołtarz pochodzi z 1523 roku. Znajdujący się w nim obraz z 1530 roku pędzla Francesco Torbido przedstawia Trójcę Świętą, Matkę Boską, Archanioła Rafała i małego Tobiasza. Pod mensą widnieje scena Opłakiwanie Martwego Chrystusa (początek XVI wieku).