W październiku 2015 został członkiem Narodowej Rady Rozwoju powołanej przez prezydenta Andrzeja Dudę. W styczniu 2016 Senat z rekomendacji Prawa i Sprawiedliwości powołał go w skład Rady Polityki Pieniężnej na sześcioletnią kadencję. We wrześniu 2016 złożył rezygnację z członkostwa w RPP, którą motywował względami osobistymi, a którą następnie wycofał i następnie ponowił. W październiku 2016 powołany przez premier Beatę Szydło na stanowisko szefa Komisji Nadzoru Finansowego na pięcioletnią kadencję, od 13 października 2016.
W kwietniu 2017 otrzymał odznakę honorową „Za zasługi dla bankowości Rzeczypospolitej Polskiej”.
Afera KNF 13 listopada 2018 Gazeta Wyborcza ujawniła stenogram nagranej rozmowy z udziałem bankiera Leszka Czarneckiego oraz przewodniczącego Komisji Nadzoru Finansowego, Marka Chrzanowskiego. Według Czarneckiego Chrzanowski miał zapewnić przychylność KNF i NBP oraz usunięcie z KNF Zdzisława Sokala (przedstawiciela prezydenta w KNF, zwolennika przejęcia banków Czarneckiego) w zamian za 1 procent wartości Getin Noble Banku (Czarnecki przyznał jednak, że nie posiada rzekomej kartki z taką propozycją – dowodu w sprawie), czyli około 40 milionów złotych łapówek.