7 czerwca 1496 roku wkroczył do Neapolu gdzie został entuzjastycznie przywitany przez udręczoną okrucieństwem francuskich najeźdźców ludność miasta.
Dzięki pomocy znakomitego hiszpańskiego generała i dowódcy Gonzala Fernándeza de Córdoba, Ferdynand II był w stanie odbić z francuskich rąk całość swojego królestwa i pozbyć się najeźdźczych wojsk na krótko przed swoją śmiercią.
thumb|left|240px|Moneta Ferdynanda II W sierpniu 1496 roku całość królestwa z powrotem znalazła się w jego rękach i Neapolitańczycy mogli z całą wspaniałością świętować zaślubiny Ferdynanda II z jego przyrodnią ciotką Joanną Aragońską. Joanna była córką dziadka swojego męża Ferdynanda I i jego drugiej żony Joanny Aragońskiej. Panna młoda urodziła się w 1478 roku jako późne dziecko z drugiego małżeństwa Ferdynanda I i w chwili zawierania związku małżeńskiego miała osiemnaście lat, podczas gdy Ferdynand II był dwudziestoczterolatkiem.
Po ślubie para królewska zdecydowała się opuścić Neapol i przenieść się do jednego z prowincjonalnych pałaców.