thumb|240px|Zespoły występujące w II Lidze Jagiellonia Białystok w sezonie 2005/2006 przystąpiła do rozgrywek piłkarskiej II Ligi oraz Pucharu Polski od I rundy.

II poziom rozgrywkowy Jagiellonia zapukała do drzwi pierwszej ligi, po dobrym sezonie klub zajął premiowane barażem 3. miejsce.Po pierwszej rundzie wydawało się, że zespół pewnie awansuje do I ligi, przez większość kolejek Jagiellonia zajmowała fotel lidera. Kłopoty przyszły w rundzie rewanżowej, przez spadek formy zwolniony został szkoleniowiec "żółto-czerwonych" Adam Nawałka, jego miejsce zajął były reprezentant Ukrainy Jurij Szatałow. Jagiellonia grała w kratkę, dopiero w ostatniej kolejce, na wyjeździe w meczu z Zagłębiem Sosnowiec wywalczyła upragnione 3 miejsce.

Baraże Sezon nie zakończył się szczęśliwie dla białostoczan, Arka Gdynia okazała się dwukrotnie lepsza od Jagiellonii, zwyciężając 2:0 i 2:1, pewnie obroniła się przed spadkiem z I ligi.

Puchar Polski Jagiellonia wystartowała od I rundy Pucharu Polski pokonując na wyjeździe Odrę Opole 0:0 (k.