Głównie zainteresowania Haliny Żakowej skupiały się wokół paleontologii. Jeszcze podczas studiów, w 1950 roku, podjęła pracę w organizowanej dolnośląskiej placówce Państwowego Instytutu Geologicznego. Prowadziła badania nad morską fauną kopalną Dolnego Śląska (m.in. okolice Witkowa, Marciszowa, Wałbrzycha i Jugowa). Wyniki swoich badań opublikowała i przedłożyła jako rozprawę doktorską, który to stopień naukowy uzyskała w 1959 roku.
Jeszcze przed uzyskaniem stopnia doktora, w 1955 roku została służbowo przeniesiona do Kielc, do Świętokrzyskiej Stacji Terenowej Instytutu (przekształconej następnie w Oddział Świętokrzyski). Tu prowadziła badania nad osadami karbońskimi oraz pochodzącą z tego okresu fauną kopalną na terenie Gór Świętokrzyskich. Efektem tych prac była uzyskana w 1970 roku habilitacja oraz powołanie w 1973 roku na stanowisko docenta w Instytucie Geologicznym.