ludność żydowska liczyła wtedy około 500 na głównej wyspie i około 350 na siostrzanej wyspie, Gozo. Żydom w tym czasie na ogół powodziło się dobrze, nie musieli żyć w gettach. Większość zajmowała się handlem lub kupiectwem, byli oni również właścicielami terenów uprawnych. Znany mistyk żydowski – Abraham ben Szlomo Abulafia, żył na Comino od 1285 do śmierci w 1290 roku. W 1479 Malta i Sycylia przeszły pod władzę Korony Aragonii i, wydany w 1492 Edykt z Alhambry, zmusił wszystkich Żydów do opuszczenia kraju. Ponieważ stanowili oni znaczną część populacji wyspy, Korona zmusiła ich do zapłacenia odszkodowania za straty spowodowane ich wygnaniem.
Nie jest pewne, gdzie Żydzi maltańscy powędrowali, być może dołączyli oni do sycylijskiej społeczności w Lewancie. Jest również prawdopodobne, że kilkudziesięciu Żydów maltańskich, tak jak wielu sycylijskich, przechrzciło się, aby pozostać w kraju. Świadczy o tym znaczna ilość nazwisk maltańskich, których pochodzenie uważa się za żydowskie, być może takie jak m.in. Attard, Azzopardi, MamoThe Virtual Jewish History Tour: Malta in Jewish Virtual Library..