thumb|240px|Zespoły występujące w III Lidze w sezonie 2002/2003 Jagiellonia Wersal Podlaski Białystok przystąpiła do rozgrywek III ligi oraz Pucharu Polski od rundy wstępnej.
W styczniu 2003 roku powstała Sportowa Spółka Akcyjna Jagiellonia Białystok, oznaczało to zmiany organizacyjne oraz zwiększenie finansowania białostockiego klubu.
III poziom rozgrywkowy Jagiellonia w dobrym stylu zwyciężyła w rozgrywkach III ligi grupy I (w sezonie 2002/03 były 4 grupy III ligi) i po roku znowu awansowała do II Ligi. Zespół przez cały sezon prowadził trener Witold Mroziewski.
Puchar Polski W rozgrywkach Pucharu Polski na szczeblu centralnym Jagiellonia pokonała Odrę Opole i Lewart Lubartów, w 1/16 (II runda) uległa Widzewowi Łódź 1:2 i odpadła z dalszej rywalizacji. W rozgrywkach okręgowych „żółto-czerwoni” pokonali kolejno Spartę Augustów, MKS Mielnik i w finale 2:1 Hetmana Białystok.
W przerwie meczu pucharowego z Odrą nastąpiło oficjalnie pożegnanie z Jagiellonią Ryszarda Ostrowskiego i Dariusza Czykiera.