Jeckeln koordynował i nadzorował akcję eksterminacyjną. Jest on także odpowiedzialny za zbrodnie popełnione na pozostałej ludności cywilnej okupowanych terytoriów.
11 października 1941 został przeniesiony na stanowisko Wyższego Dowódcy SS i Policji na froncie północnym i w Komisariacie Rzeszy Ostland (obejmował on okupowane: Litwę, Łotwę, Estonię oraz część Białorusi). Ponownie głównym jego zadaniem była likwidacja radzieckich Żydów. W listopadzie i grudniu 1941 kierował masakrą w Rumbuli, w trakcie której zamordowano co najmniej 24 tysiące Żydów ryskich, a także transport blisko tysiąca Żydów niemieckich przywiezionych z Berlina. W początkach 1942 Jeckeln kierował tzw. Aktion Sumpffieber (Akcja Malaria), gdy oddziały do walki z „partyzantami” pod jego dowództwem zlikwidowały wiele gett na Białorusi, mordując przy tym dziesiątki tysięcy mężczyzn, kobiet i dzieci. Niezależnie od tego Jeckeln w celu zwalczenia partyzantki stosował masowy terror wobec ludności cywilnej ZSRR. W 1943 kierował akcją o kryptonimie Schneehase, w czasie której pod pretekstem zwalczania partyzantów wymordowano setki obywateli ZSRRKarol Grünberg, SS - czarna gwardia Hitlera.