W 1867 został nominowany, a 26 listopada tego roku wyświęcony na biskupa Eleftheropolis. Na katedrze pozostawał pięć lat. W styczniu 1872 został przeniesiony do metropolii Filippolis (Płowdiw) na miejsce metropolity Panareta, usuniętego z urzędu przez patriarchę za działanie w bułgarskim ruchu narodowym i na rzecz restytucji Bułgarskiego Kościoła Prawosławnego. Był jednym z najpoważniejszych kandydatów na urząd patriarchy Konstantynopola podczas wyborów w 1878, w których zwyciężył metropolita Salonik Joachim. Dwa lata później metropolita Neofit został przeniesiony na katedrę adrianopolską. W 1886 z powodu choroby zrzekł się katedry i odszedł do monasteru Watopedi. Rok później został metropolitą Pelagonii, zaś cztery lata później przeniesiono go do metropolii Nikopolis.
W 1891 został wybrany na patriarchę Konstantynopola po śmierci Dionizego V. O jego elekcji przesądziły wpływy metropolity Heraklionu Germana, najbliższego współpracownika zmarłego hierarchy (sam German nie mógł kandydować na patriarchę, gdyż sprzeciwiły się temu władze tureckie). W okresie sprawowania urzędu patriarchy przez Neofita metropolita German nadal współdecydował o polityce Patriarchatu.