pierwszym dowódcą formacji został gen. płk Władimir Iwanow.
W pierwszej połowie lat 90. Wojska Kosmiczne przejęły odpowiedzialność za rosyjską wojskową infrastrukturę kosmiczną w warunkach rozpadu jednolitego systemu radzieckiego i znacznego ograniczenia finansowania. W 1994 roku Plesieck został przekształcony w pierwszy państwowy kosmodrom Federacji Rosyjskiej i podporządkowany Wojskowym Siłom Kosmicznym. W tym samym okresie Rosja i Kazachstan uregulowały zasady dalszego użytkowania znajdującego się na terytorium Kazachstanu Bajkonuru. W 1996 roku utworzono drugi rosyjski państwowy kosmodrom doświadczalny – Swobodny w obwodzie amurskim.
Podporządkowanie Strategicznych Wojskom Rakietowym (1997–2001) W lipcu 1997 roku Wojskowe Siły Kosmiczne utraciły status samodzielnego rodzaju wojsk i wraz z wojskami obrony rakietowo-kosmicznej zostały włączone do Strategicznych Wojsk Rakietowych. Reorganizację uzasadniano potrzebą integracji struktur strategicznych oraz ograniczenia kosztów ich funkcjonowania.