Od 1995 roku do światowych mediów przedostawały się informacje o kontaktach między rządem a ugrupowaniami islamskich fundamentalistów, rząd oskarżał Egipt i Sudan o wzniecanie konfliktu poprzez robotników pochodzących z tych państw. W 1999 roku Libia wydała osoby oskarżone o zamach nad Lockerbie, a w XXI wieku al-Kaddafi potępił terroryzm. Umożliwiło to normalizację stosunków z USA i Unią Europejską.
W 2011 roku wybuchły antyrządowe protesty, które przeistoczyły się w regularną wojnę domową, zakończoną obaleniem al-Kaddafiego. W 2012 roku głową państwa został Mohammed Megarjef a premierem Ali Zajdan. Nowe władze nie zdołały zatrzymać konfliktu wewnętrznego, który w 2014 roku przerodził się w kolejną wojnę domową. Stronami konfliktu były zdominowany przez islamistów Powszechny Kongres Narodowy i Zgromadzenie Konstytucyjne, mające poparcie międzynarodowe. W 2015 roku do konfliktu wkroczyło Państwo Islamskie, fundamentaliści zdobyli położoną na środkowej północy Syrtę. W marcu 2016 roku w Trypolisie powstał uznawany międzynarodowo rząd jedności narodowej.