Krajowy Depozyt zarządza Systemem Rekompensat utworzonym w celu gwarantowania środków pieniężnych i papierów wartościowych znajdujących się na rachunkach inwestycyjnych w przypadku upadłości domów maklerskich i banków prowadzących rachunki papierów wartościowych. Działalność w charakterze Zatwierdzonego Mechanizmu Sprawozdawczego (ARM – Approved Reporting Mechanism), polegająca na przekazywaniu do organu nadzoru informacji o szczegółach transakcji zawieranych w obrocie instrumentami finansowymi, w imieniu podmiotów, na które obowiązek dokonywania takich zgłoszeń nakłada rozporządzenie MiFIR. Zadania związane z systemem zabezpieczenia społecznego. KDPW obsługuje wypłaty transferowe pomiędzy otwartymi funduszami emerytalnymi – w wyniku zmiany funduszu przez uczestnika lub podziału środków w nim zgromadzonych. Zarządza też obowiązkowym funduszem gwarancyjnym, tworzonym ze składek powszechnych towarzystw emerytalnych, gwarantującym wypłatę świadczeń członkom funduszy.