W 65. Turnieju Czterech Skoczni zajął 9. miejsce. W trakcie turnieju, po konkursie w Innsbrucku, stracił prowadzenie w Pucharze Świata na rzecz Daniela-André Tande. Odzyskał je po zawodach w Bischofshofen, by ostatecznie je utracić po kolejnym konkursie, rozgrywanym w Wiśle 14 stycznia 2017, tym razem na rzecz Kamila Stocha. Dzień później na tej samej skoczni zajął 3. miejsce, po raz ostatni w sezonie stając na podium w zawodach indywidualnych.
W kolejnych tygodniach osiągał gorsze wyniki, niż na początku sezonu. W lutym i marcu 2017 łącznie trzykrotnie zajmował miejsca w pierwszej dziesiątce PŚ, za każdym razem na skoczniach mamucich. Tam najwyżej klasyfikowany w tym okresie był na 5. pozycji, w Oberstdorfie, a w pozostałych zawodach na 17. lokacie, w Pjongczangu. Został powołany na Mistrzostwa Świata w Narciarstwie Klasycznym 2017. Wystąpił tam tylko w konkursie indywidualnym na skoczni normalnej, w którym zajął 34. miejsce. Po jednej z serii treningowych na dużym obiekcie, gdzie, po problemach w fazie lotu, Prevc uzyskał niespełna 80 metrów, trener reprezentacji Goran Janus wycofał go z dalszego udziału w światowym czempionacie, a zawodnik powrócił do Słowenii, opuszczając także konkurs Pucharu Świata w Oslo (jako jedyny w sezonie).