Edukację rozpoczął w szkole ćwiczeń przy seminarium nauczycielskim w Krakowie. W latach 1879–1887 kształcił się w Gimnazjum św. Anny, gdzie poznał m.in. Stanisława i Tadeusza Estreicherów, Stanisława Wyspiańskiego, Kazimierza Przerwę-Tetmajera, Lucjana Rydla i Juliana Fałata. W tej szkole zdał egzamin dojrzałości 1 lipca 1887.
Po zdaniu matury zapisał się do krakowskiej Szkoły Sztuk Pięknych, gdzie pozostawał studentem w latach 1887-1889, 1890/1891, 1892/1893 do 1893/1894. Uczył się tam u ówczesnego dyrektora szkoły Jana Matejki, a także u innych nauczycieli: Izydora Jabłońskiego, Józefa Unierzyskiego czy Władysława Łuszczkiewicza. Jednocześnie podjął studia prawnicze na Uniwersytecie Jagiellońskim, gdzie był studentem od 1887 do 25 września 1889. W latach 1888–1889 wykonał ołówkowe szkice do planowanej kompozycji Śmierć królowej Barbary, są to jego pierwsze rysunki zachowane do czasów współczesnych. W 1889 wyjechał do Wiednia, gdzie kontynuował studia malarskie do 1891 prawnicze, uzyskując absolutorium na drugim z tych kierunków. Z okresu edukacji w Wiedniu, który Mehoffer źle wspominał, zachowały się tylko dwa rysunki oraz olejna kopia Portretu młodej kobiety Rembrandta z 1632. W 1890 Mehoffer wrócił do Krakowa. W Krakowie wykonał ołówkową kompozycję Powrót Odysa (1890), inspirowaną sztuką Artura Grottgera.