Budowa mikroskopowa System strzępkowy monomityczny. Strzępki cienkościenne, lub nieznacznie grubościenne, o szerokości 3–4 μm, żywicznie inkrustowane. Cystydy szydłowate, o grubościennych podstawach i rozmiarach zazwyczaj 60-80 × 3–4 μm. Są charakterystycznie inkrustowane prostokątnymi, ułożonymi spiralnie wzdłuż ścian kryształami. Wystają wyraźnie ponad powierzchnię. Podstawki o rozmiarach 12-14 × 2–3 μm, 4-zarodnikowe, ze sprzążkami, czasami z inkrustowanymi nasadami. Bazydiospory wydłużone, o ostrych końcach, nieco wygięte w kształt litery S. Są bardzo zróżnicowane pod względem kształtu i wielkości, przeważnie mają rozmiar 11-14 (15) × 2–2,5 μm. Są gładkie i cienkościenne.
Gatunki podobne Jest wiele bardzo podobnych gatunków grzybów tworzących na drewnie białe i rozpostarte owocniki. Rozróżnienie ich możliwe jest tylko badaniem mikroskopowym. Szydłowniczka długozarodnikowego można odróżnić już przy pomocy silnej lupy (20 x), gdyż można dostrzec jego wystające cystydy. Pod mikroskopem oznaczenie tego gatunku jest łatwe, dzięki charakterystycznym zarodnikom i cystydom.