Dwukrotnie występowały okresy opuszczenia jaskini, po około 10 tysięcy lat za każdym razem, pomiędzy fazami post-Howiesons Poort i late Middle Stone Age, oraz pomiędzy late Middle Stone Age i final Middle Stone Age. Poza tym około tysiąca lat temu wystąpił okres zasiedlenia przez ludność epoki żelaza.
Dane wskazują, że przerwy odpowiadały okresom osuszenia klimatu, a fazy zasiedlenia – okresom wilgotniejszym.
Technologie thumb|Zdjęcia i rysunki narzędzi kamiennych znalezionych w Jaskini Sibudu
W fazie pre-Still Bay mieszkańcy jaskini posługiwali się technologią odłupkową, ale wytwarzali niewiele narzędzi. Ludność fazy Still Bay wytwarzała, oprócz odłupków, także pięściaki i ostrza.
Analiza śladów na tych ostatnich dostarczyła dowodów, że kiedyś użyto kleju wieloskładnikowego w celu przytwierdzenia ich podstawy do trzonka.