Celem ekumenizmu nie jest dla niego zjednoczenie wszystkich Kościołów w ramach jednej instytucji kościelnej, ale wzajemne uznanie i struktura, w której cechy każdego indywidualnego Kościoła nadal istnieją, ale nie dzielą.
Władze Najwyższą władzą pozostaje Synod, który decyduje o wszystkich sprawach życia kościelnego. Tworzony delegatów z każdego zboru (dwóch ze parafii liczących do 200 członków, trzech dla parafii od 200 do 400 wiernych i czterech dla zborów powyżej 500 wiernych), duchownych kościoła będących w czynnej służbie duszpasterskiej, dodatkowi członów (maksymalnie czterech, zgłoszonych przez Konsystorz lub przez co najmniej pięciu innych członków Synodu) oraz reprezentantów działalności uznanych przez Synod. W skład Synodu, ale bez prawa głosu, wchodzą również przewodniczący Komisji Rewizyjnej, Kolegium Mediatorów oraz Komisji Techniczno-Finansowej. Wszyscy członkowie Synodu wybierani są na czteroletnią kadencję.
Dziekan, jako główny duchowny, kieruje kościołem i go reprezentuje. Jest wybrany przez Synod. Jego urząd trwa cztery lata i może zostać ponownie wybrany.