Niezależność Zakonu św. Jana W czasie gdy Malta była pod władzą Rycerzy Maltańskich, od połowy wieku XVI do końca XVIII, Wielki Mistrz miał status księcia Kościoła i cieszył się specjalnymi względami papieża, co od czasu do czasu doprowadzało do ostrych tarć z lokalnymi biskupami.
Okupacja francuska
Z biegiem lat władza Rycerzy słabła; ich rządy skończyły się, kiedy flota Napoleona Bonaparte przybyła na Maltę w 1789 r., w czasie ekspedycji do Egiptu. Używając podstępu, Napoleon poprosił o bezpieczną przystań w celu zaopatrzenia swoich statków, a następnie skierował broń przeciwko swojemu gospodarzowi w Valletcie. Wielki Mistrz Ferdinand von Hompesch zu Bolheim skapitulował, Napoleon został na Malcie na kilka dni, w ciągu których systematycznie rabował ruchomy majątek Zakonu i ustanawiał administrację zawiadywaną przez swoich ludzi. Następnie popłynął do Egiptu, pozostawiając znaczny garnizon na Malcie. Od kiedy niepopularność Zakonu wśród Maltańczyków rosła, początkowo przyjęli oni Francuzów z optymizmem. Ta iluzja nie trwała jednak długo. W ciągu kilku miesięcy Francuzi pozamykali klasztory i zagrabili skarby kościelne. Gdy Maltańczycy zbuntowali się, Francuzi pod dowództwem gen. Claude-Henri Belgrand de Vaubois wycofali się do Valletty.