Miesiąc później w spotkaniu z tym samym rywalem raz jeszcze uszkodził kolano, co miało odsunąć go od treningów na cztery do sześciu tygodni. Opuściwszy znaczną część sezonu z uwagi na kontuzje, w trakcie letniej przerwy w rozgrywkach O’Connell zrezygnował z funkcji kapitana Munsteru na rzecz Douga Howletta. Jako że rehabilitacja postępowała wolniej niż przypuszczano, zawodnik powrócił do składu dopiero w połowie października na mecz Pucharu Heinekena przeciw Racing Métro 92. 1 stycznia 2013 r. ogłoszono z kolei, że wychowanek Young Munster pomyślnie przeszedł operację kręgosłupa, dzięki której zlikwidowano nawracający problem związany z uciskającym nerw krążkiem międzykręgowym. Datę powrotu do pełnej sprawności wstępnie określono na kwiecień 2013 roku. Tym razem rehabilitacja przebiegła jednak szybciej, niż przewidywano i już w połowie marca reprezentant Irlandii wystąpił w spotkaniu rezerw Munsteru oraz w meczu ligi irlandzkiej w barwach Young Munster. Do pierwszej drużyny Munster Rugby powrócił w spotkaniu z Connachtem 23 marca.