Dołączył też do Stowarzyszenia Niezależnych Producentów Filmowych (SNPF), której celem było rzucenie wyzwania największym wytwórniom dominującym nad produkcją, dystrybucją i prezentacją filmów.
W listopadzie 1938, wskutek zatrucia gazem ulatniającym się z niesprawnego pogrzewacza wody umieszczonego w piwnicy, zmarła matka Disneya. Artysta obwiniał się za jej śmierć, ponieważ nie zauważył usterki piecyka. Po śmierci matki, która zbiegła się z produkcją Pinokia, wyrzucił ze scenariusza filmu wszystkie sceny z żoną Gepetta. Filmoznawcy utrzymują też, że to właśnie z powodu śmierci matki bohaterowie produkcji Disneya tak często są pół-sierotami lub sierotami. Disney w filmach często ukazywał także konsekwencje szargania świętości rodziny. Niektóre postacie z filmów Disneya mierzyły się z brakiem bądź utratą zdefiniowanego pochodzenia, co wynikało z faktu, że Walt od dzieciństwa czuł się odtrącany przez ojca oraz podejrzewał, że został adoptowany przez rodziców.
W listopadzie 1940 rozpoczął współpracę z FBI jako szpieg rządu Stanów Ziednoczonych;