Prowadzono zajęcia z religii dla dzieci wyznań: rzymskokatolickiego, greckokatolickiego i mojżeszowego. II wojna światowa 1939–1944 1 września 1939 nie rozpoczęto nauki, a tuż po 13 września 1939 tj. po wkroczeniu okupantów do Leżajska, budynek został przejęty przez hitlerowskie szturmowe oddziały SS. Rabowano, wywożono i niszczono pomoce oraz wyposażenie szkolne. Aresztowano kierownika szkoły Romana Szczupaka i nauczycieli Władysława Urbańskiego i Józefa Bauera, których po dwutygodniowym pobycie w rzeszowskim więzieniu zwolniono. Kiedy po 1 grudnia 1939 szkoła rozpoczęła znów swą działalność, musiało być to zgodne z wymaganiami Niemców i według narzuconego przez nich programu. Przyznano jedynie 3 etaty nauczycielskie, a na jednego nauczyciela przypadało 70 uczniów. Warunki lokalowe i materialne były coraz trudniejsze, np. aby w okresie zimowym mogły odbywać się zajęcia, drewno opałowe konspiracyjnie dostarczali pracownicy nadleśnictwa, a często przynosiły je same dzieci. Niemcy zabronili nauki geografii, historii i literatury polskiej oraz korzystania z podręczników przedwojennych. Przeciwstawiając się celom niemieckiej polityki szkolnej i oświatowej nauczyciele Leżajskiej Szkoły Męskiej zbagatelizowali zarządzenie okupanta zabraniające nauczania np.