Zagrożenia i ochrona rzeki Koryto Tanwi w większości biegu jest dzikie, nieuregulowane. Jedyne uregulowane odcinki zlokalizowane są między Narolem, a Paarami (odcinek o długości 6,5 km) oraz między Borowcem, a ujściem Studzienicy (ok. 8,5 km). Głównym zagrożeniem dla przyrody Tanwi jest fragmentacja ciągłości podłużnej przez sztuczne bariery. W korycie Tanwi zbudowano 3 jazy i 9 progów. Wszystkie progi zlokalizowane są na wyprostowanym odcinku rzeki w okolicy Narola. Dwa jazy zlokalizowane poniżej Borowca, aktualnie oba nie piętrzą już wody i stanowią tylko minimalną przeszkodę dla migracji ryb. Największą i najbardziej szkodliwą dla dorzecza Tanwi budowlą hydrotechniczną jest jaz w Ulanowie, zlokalizowany zaledwie 2,5 km od ujścia rzeki i uniemożliwiający migrację ryb w całe dorzecze Tanwi. Wraz z budową jazu w latach 60. XX wieku w Tanwi wyginęły populacje świnki, certy, węgorza. Żadna z budowli poprzecznych w korycie Tanwi nie pełni od kilkudziesięciu lat żadnej funkcji.
Dla ochrony obszaru źródliskowego Tanwi utworzono rezerwat przyrody Źródła Tanwi. Fragment górnego biegu jest objęty rezerwatem przyrody Nad Tanwią, chroniącym unikatowe progi skalne (tzw.