Mimo zaangażowania i pośrednictwa Zygmunta Herbersteina, dyplomaty w służbie cesarza Maksymiliana I Habsburga, nie udało się wysłannikom litewskim doprowadzić do porozumienia. 18 listopada 1517 opuścili oni Moskwę.
Ostatnie lata życia spędził w Mohylewie.
Jan Niemirowicz-Szczytt posiadał znaczny majątek, m.in. wieś Dzięciołowo, Prigorodek, Dobromyśl, Nułowidy.
Jan Niemirowicz-Szczytt był dwukrotnie żonaty.
Z pierwszej żony o nieznanym imieniu miał co najmniej dwoje dzieci, w tym Jadwigę (zm. przed 1538) żonę Jerzego (Irzyka) Olechnowicza (bratanka kuchmistrza litewskiego Piotra Olechnowicza), dworzanina hospodarskiego (protoplastę rodziny Irzykowiczów h. Leliwa) – rodziców Jana (starosty mielnickiego) i Anny za Adamem Kosińskim.
Drugą żoną była Zofia Pietkowicz h. Trąby, córka Stanisława Michajłowicza Pietkowicza (marszałka hospodarskiego i namiestnika brzeskiego). Małżeństwo było bezdzietne. Dzięki zapisom męża, Jana Niemirowicza-Szczytta, zgromadziła po jego śmierci znaczny majątek ziemski. Po śmierci Jana Niemirowicza-Szczytta Zofia wyszła ponownie za mąż za Jana Juriewicza Hlebowicza (kanclerza wielkiego litewskiego). Zmarła przed 1537 r., kiedy Hlebowicz żeni się po raz trzeci z Hanną, córką ks. Fiodora Zasławskiego i Zofii Sanguszko.