Czystość wód i ochrona środowiska Na przełomie lat 80. i 90. XX w. jezioro mieściło się w II klasie czystości, jednak kolejne badania wskazywały na stopniowe pogarszanie się badanych wskaźników. Podczas badań w 2000 roku wody jeziora zostały zaliczone do III klasy. Obniżenie klasy czystości wód wynikało ze wzrostu stężenia fosforu całkowitego, fosforanów, azotu mineralnego i chlorofilu A.
Badania z 2019 roku zaliczyły wody jeziora do wód o złym stanie ekologicznym, co odpowiada V klasie jakości. Wskaźnikiem, który zadecydował o piątej klasie, był stan makrofitów, podczas gdy stan makrozoobentosu i fitobentosu oceniono jako umiarkowany, a stan fitoplanktonu jako dobry. W tym samym roku stan chemiczny wód określono jako poniżej dobrego, elementami przekraczającym normę były zawartość PBDE oraz heptachloru w tkankach ryb. Przeźroczystość wód została określona na 0,8 metra.
Jezioro Długie zostało zakwalifikowane jako podatne na degradujące wpływy zewnętrzne, w związku z czym zostało zaliczone do III kategorii podatności na degradację. Oznacza to, że jest to jezioro o słabych warunkach naturalnych.