Właścicielem wsi był Jan Kostka herbu Dąbrowa. W roku 1575 do miejscowego kościoła sprowadzono gotycką figurkę Matki Bożej Bolesnej (piety) z 1. poł. XV wieku. Miejscowość ta stała się miejscem pielgrzymkowym szeroko znanym w całej Wielkopolsce, co doprowadziło do utworzenia 1 stycznia 1658 roku samodzielnej placówki duszpasterskiej. Od 1650 Skrzatusz był rezydencją starostów nowodworskich, bywali tu polscy królowie Jan III Sobieski i Stanisław Leszczyński.
Dzięki staraniom starosty nowodworskiego Wojciecha Konstantyna z Goraja Brezy 15 września 1660 roku biskup Wojciech Tholibowski odłączył Skrzatusz od Wałcza i erygował samodzielną parafię. Pierwszym proboszczem parafii został ksiądz Jakub Krueński. W związku z powstaniem parafii, za przykładem króla Jana III Sobieskiego, w latach 1683–1694 Wojciech Breza zafundował w Skrzatuszu nową murowaną świątynię, która została obdarzona wezwaniem Wniebowzięcia NMP. Konsekracji kościoła dokonał w niedzielę „Laetare” 6 marca 1701 roku, biskup pomocniczy poznański, Hieronim Wierzbowski. Po zwycięskiej wojnie przeciw Turkom i Tatarom Jan III Sobieski 20 września 1690 roku specjalnym przywilejem powiększył dochody skrzatuskiego kościoła. Parafia została zrównana w swoich prawach z wielkimi parafiami miejskimi.