Krytycznie wobec wyznaczenia Przemysława Czarnka na ministra edukacji i nauki odnieśli się: była minister edukacji narodowej Krystyna Szumilas, była minister nauki i szkolnictwa wyższego Lena Kolarska-Bobińska, wicemarszałkowie Sejmu Włodzimierz Czarzasty i Piotr Zgorzelski, marszałek Senatu Tomasz Grodzki, wicemarszałek Senatu Gabriela Morawska-Stanecka, przedstawiciele partii opozycyjnych – przede wszystkim posłowie Lewicy i KO oraz Młodzi Demokraci. Swoje zaniepokojenie kandydaturą Przemysława Czarnka wyraziło w specjalnym oświadczeniu ponad 100 osób związanych z nauką i kulturą – w tym pracownicy naukowi Uniwersytetu Warszawskiego, Uniwersytetu Jagiellońskiego i Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego Jana Pawła II, członkowie Polskiej Akademii Nauk, działacze organizacji pozarządowych, artyści, publicyści oraz intelektualiści – a także Związek Nauczycielstwa Polskiego.
W odpowiedzi na kontrowersje wokół nominacji Przemysława Czarnka 56 naukowców – m.in. z KUL, UMCS, UMK, Politechniki Lubelskiej, Uniwersytetu Medycznego w Lublinie oraz Instytutu Historii PAN – wyraziło sprzeciw wobec krytyki Przemysława Czarnka oraz, podobnie jak Akademickie Kluby Obywatelskie im.