Losowanie par 1/16 finału odbyło się 14 grudnia 2015 roku (godz. 13:00). Zwycięzcy fazy grupowej Ligi Europy oraz 4 najlepsze z zespołów, które zajęły 3. miejsca w fazie grupowej Ligi Mistrzów zostali rozlosowani przeciwko zespołom, które zajęły 2. miejsca w fazie grupowej Ligi Europy oraz pozostałym drużynom, które zajęły 3. miejsca w fazie grupowej Ligi Mistrzów. Drużyny z tych samych federacji oraz grup nie mogły zostać zestawione w jednej parze. Z powodu napiętej sytuacji politycznej pomiędzy Rosją i Ukrainą w jednej parze nie mogły zostać zestawione także drużyny z tych krajów.
Drużyny rozstawione
Drużyny nierozstawione
Drużyny, które awansowały z fazy grupowej Ligi Europy:
GrupaZwycięzcy grup2. drużyny grupA Molde FK Fenerbahçe SKB Liverpool FC SionC FK Krasnodar Borussia DortmundD Napoli FC MidtjyllandE Rapid Wiedeń Villarreal CFF SC Braga Olympique MarsyliaG Lazio AS Saint-ÉtienneH Lokomotiw Moskwa Sporting CPI FC Basel FiorentinaJ Tottenham Hotspur RSC AnderlechtK FC Schalke 04 Sparta PragaL Athletic Bilbao FC Augsburg
Zespoły, które odpadły z fazy grupowej Ligi Mistrzów: GrupaDrużynaG FC Porto631298+110F Olympiakos SFP6303613-79B Manchester United62227708E Bayer Leverkusen61321312+16D Sevilla FC6204811-36H Valencia CF620459-46C Galatasaray SK6123610-45A Szachtar Donieck6105714-73
1/16 finału